Den svenska golfstjärnan slutade totalt 17 slag under par, men lördagens något svagare runda (71 slag) gjorde att Åberg aldrig riktigt kunde utmana om segern.
23-årige Åberg, som har inlett proffskarriären starkt på PGA-touren i sommar, har uppmanats av Ryder Cup-kaptenen Luke Donald att komma till Europa för att tävla i två veckor. Efter nästa veckas tävling i Schweiz tas det europeiska laget ut inför mötet med i USA i slutet av september.
Engelske doldisen Todd Clements vann tävlingen i Tjeckien, hans första triumf på touren, efter att ha gått sista rundan på 63 slag för –22 totalt. Landsmannen Matt Wallace var ett slag bakom.