Under PGA-tourtävlingen i Hawaii snappade mikrofonerna upp en homofobisk kommentar från amerikanen.
Det var efter en missad putt på det fjärde hålet som amerikanen tappade humöret.
Thomas har gått ut med en ursäkt efter händelsen som rörde upp en känslostorm på sociala medier.
– Det är oförsvarbart. Först vill jag be om ursäkt, jag är en vuxen man och det finns absolut ingen anledning för mig att säga något sådant. Det är hemskt och jag skäms, sade han.
Nu väntar med största sannolikhet böter för 27-åringen.
"Vi håller med om att Justins kommentar är oacceptabel", säger PGA-touren i ett uttalande.
Thomas avslutade tredje rundan med 68 slag, fem under par och ligger delad femma i tävlingen, fyra slag bakom ledande amerikanen Ryan Palmer. En runda kvarstår.