Hideki Matsuyama testade positivt för covid-19 den 2 juli och har inte kunnat träna ordentligt sedan dess. 29-åringen har inga symptom, men testerna har fortsatt att visa positivt.
"Jag känner mig bra men har inte kunnat göra någon förberedande träning inför British Open", säger han i ett uttalande och fortsätter:
"Det, kombinerat med svårigheten att resa till Storbritannien har gjort att mitt team och jag har bestämt att det är bäst att dra sig ur för allas säkerhet."
Matsuyama får i stället se fram emot golfturneringen i hemma-OS i Tokyo, som inleds den 29 juli.
Även den dubble US Masters-mästaren Bubba Watson lämnar återbud.
Amerikanen har nyligen haft nära kontakt med en person som testat positivt för covid-19.
– Jag är vaccinerad och har fått negativt på de obligatoriska testen innan avresa, men det har inte gått tillräckligt med tid för att jag ska känna mig bekväm med att åka det chartrade planet och riskera att smitta andra spelare och personalen ombord, säger 42-åringen.
British Open startar på torsdag.