Segern förde Ko förbi världsettan Nelly Korda, USA, som årets spelare på USA-touren.
Det var sydkoreanskans andra raka seger i finaltävlingen och den femte vinsten på touren i år.
Anna Nordqvist avslutade med en 67-runda, fem under par, och slutade delad tolva, nio slag bakom Ko Jin-Young.
Fyra spelare gick ut jämsides inför den sista ronden och Ko vann med ett slag före japanskan Nasa Hataoka.
OS-vinnaren Nelly Korda, en av de fyra som delade ledningen inför sista ronden, slutade delad femma, sex slag bakom sydkoreanskan. Korda ledde penningligan inför den sista tävlingen, men femteplatsen räckte inte för en sammanlagd vinst.
Segerchecken var värd 1,5 miljoner dollar, motsvarande knappt 13,5 miljoner kronor, och Ko Jin-Young vann totalt över nio miljoner dollar i prispengar under året på USA-touren.