Den svenske golfstjärnan gick på par, 71 slag, och är tre slag efter ledande Lee Min Woo, Australien.
Stenson hade fyra birdies på andra ronden, men också två bogeys och en dubbelbogey. Svensken var i delad ledning efter 64 slag på den första ronden, men tappade nu och ligger delad sexa.
Lee Min Woo hade 68 slag på den andra rundan och är två slag före en kvartett spelare.
Henrik Stenson jagar en plats i Europas Ryder Cup-lag och måste prestera topplaceringar under hösten på Europatouren efter ett tufft år. Han har också visat bra form de senaste veckorna med en tredjeplats i European Masters förra helgen och en fjärdeplats i Tjeckien dessförinnan.