Tvåårskontraktet, som gäller till och med sommaren 2024, blir 49-åringens elfte och tolfte säsong med elitlaget.
Det har spekulerats i att Franzén skulle fortsätta i klubben, men som sportchef.
"Det blev tidigt klart för mig att en roll som sportchef inte kändes rätt. Jag vill stå på golvet och arbeta med spelare varje dag, och jag tycker dessutom att jag fortfarande utvecklas i min tränarroll", säger Franzén i ett pressmeddelande.
Klubben är nöjd med att Franzén blir kvar.
"För oss som förening är det viktigt med kontinuiteten samtidigt som vi tycker att Mikael gör ett fantastiskt jobb", säger sportchefen Christer Mårtensson.
Under Franzéns ledning har Alingsås tagit ett SM-guld och varit i ytterligare fyra finaler. Dessutom vann Alingsås grundserien 2020, då slutspelet ställdes in.