Vänstersexan kommer att ha tillbringat nio år i den tyska klubben när han lämnar efter säsongens slut.
"Hampus har utvecklats till en av världens bästa vänstersexor. Vi har haft nio otroligt framgångsrika år tillsammans där vi har upplevt fantastiska saker. Jag önskar honom all lycka framöver", säger Flensburgtränaren Maik Machulla i uttalandet på hemsidan.
Nya utmaningar väntar, uppger klubben, men till vilken klubb handbollsstjärnan är på väg är i nuläget oklart.
"Mitt mål var att vinna allt och visa att jag kan spela bra på vänsterkanten konsekvent och över lång tid. Jag tror att jag har uppnått det och nu letar jag efter en ny utmaning. Jag har fortfarande några månader kvar på mitt kontrakt och jag ska göra mitt bästa fram till sista matchen", säger Wanne själv.
Det har ryktats om en flytt till Barcelona, men vänstersexan har ännu inte blivit presenterad.
Wanne har under tiden i Flensburg blivit Champions League-mästare och även tagit flera inhemska titlar. Han har spelat i det svenska landslaget sedan 2017 och gjort 62 matcher – och var med senast då laget tog EM-guld i januari.