Beslutet togs vid ett möte där förbundsordföranden Hassan Moustafa träffade bland andra Egyptens premiärminister Mostafa Madbouly och hälsominister Hala Zayed.
"Alla parter kom överens om att det 27:e världsmästerskapet för herrar ska avgöras utan åskådare för att på så vis garantera att alla deltagare är säkra och friska", skriver förbundet på sin webbplats.
Kritiken mot att tillåta uppåt 4 000 personer på VM-matcherna i handboll har varit stor. Det europeiska spelarfacket har i ett brev till förbundet protesterat mot valet att släppa in åskådare i arenorna. En av dem som ställt sig bakom brevet var den svenske målvakten Andreas Palicka.
– Jag tycker inte att VM ska spelas med publik, sade han till TT i fredags.
VM inleds på onsdag och Sverige öppnar mot Tjeckien på torsdag.