Landslagskaptenen Jim Gottfridsson kolliderade med Berlins dansk Hans Lindberg. Därefter tog sig svensken för knät, och signalerade till bänken att något var fel.
När Berlin gjorde mål några sekunder senare haltade den svenske superstjärnan av planen och fick hjälp in i omklädningsrummet.
Det är fortfarande oklart hur allvarlig skadan är.
Handbolls-VM, som spelas i Sverige och Polen, inleds den 12 januari. Alltså om mindre än tre månader.
Gottfridsson, som ledde Sverige till EM-guld tidigare i år, är en av Sveriges viktigaste spelare.
Flensburg vann till slut matchen med 34–32 och är därmed klart för kvartsfinal i tyska cupen.