Segermålet kom med 39 sekunder kvar genom dansken Matias Helt Jepsen i en match där Kristianstad mest hela tiden hade ett målmässigt försprång men där utgången in i det sista var oviss.
Ystad fick chansen till kvittering men med 21 sekunder kvar drog Julius Lindskog Andersson sin straff i ribban och Kristianstad höll undan till seger i premiären.
I Kristianstad var Zoran Bozic tillbaka efter den långtidsskada som stoppade honom förra säsongen.
Talangen bidrog till segern i mötet mellan två klubbar som experterna tror finns med långt in i slutspelet till våren.
– Fantastisk känsla, det är också mitt första mål inför storpublik. Jag är väldigt glad över detta och vinst också, säger Bozic till C More.
Handbollsligan fortsätter med mötet Alingsås–Helsingborg på onsdagskvällen. Premiäromgången är utspridd fram till fredag.