"Det har varit ett svårt beslut att fatta även om jag insett att det är det enda rätta med tanke på min kropp", säger den tidigare lagkaptenen till handbollslandslagets webbplats.
31-åringen hade OS i Tokyo som sitt stora slutmål i landslaget, men skadebekymmer sätter stopp. Jacobsen missade VM i Japan efter en knäoperation och hann inte tillbaka i matchform till EM i Danmark i december.
"De två senaste åren har varit väldigt hattiga. Jag är tillbaka nu, men vet också hur snabbt det går att trilla ner igen om man inte använder huvudet", säger CSKA Moskva-spelaren.
Jacobens främsta mästerskapsmeriter är silver i EM 2010 och brons i EM 2014. Hon var lagkapten i landslaget från 2012.
Landslaget ska spela kval till OS i Spanien 19–21 mars.