Ystad inledde duellen om mästerskapet med att vinna den inledande finalen borta med 30–28 i torsdags.
Två dagar senare lyckades inte klubben utnyttja hemmahallsfavören, även om det var nära.
Vid full tid var matchen oavgjord 29–29 sedan Skövde kvitterat i sista sekunden – och gick till förlängning. Där dominerade Skövde helt och hållet, gjorde 5–0 och gick fram till seger med 34–29.
Ystads Kim Andersson vräkte in åtta bollar och var matchens vassaste målskytt. Bjarni Valdimarsson noterade sju mål för Skövde.
Den tredje finalen – serien avgörs i bäst av fem matcher – spelas i Skövde på tisdag.