Trots en femmålsledning i början av andra halvlek fick slovenerna, fyra i EM förra året, bara oavgjort i det avgörande mötet med hemmanationen Egypten.
Endast ett av lagen kunde gå vidare från mellanrundan i Sveriges grupp och slovenerna behövde vinna, medan det räckte med kryss för Egypten.
Slutresultatet 25–25 innebär att Egypten är klart för VM-kvartsfinal på onsdag.
Magsjuka härjar i flera lag i Kairo och Slovenien kom till spel utan Stas Skube och Dragan Gajic, medan store mittsexan Blaz Blagotinsek fick kasta in handduken när han började kräkas på uppvärmingen, enligt danska TV2.