Sebastian Heymann, Christoph Steinert och Djibril M’Bengue är de senaste i raden att smittas av viruset.
Tyskland har fört diskussioner med bland annat Europeiska handbollsförbundet (EHF) och landat i att man ändå ska försöka fullfölja mästerskapet.
"Vi har haft intensiva diskussioner och kom till slutsatsen att vi kan ta ansvar för att stanna kvar i turneringen", skriver tyska handbollsförbundet på sin hemsida.
Laget inleder mellanrundan mot Spanien klockan 18 på torsdagskvällen. Det tyska handbollsförbundet ansökte om att om att få matchen framflyttad – men fick nej från EHF. Man har kallat in ersättare i form av Lukas Stutzke, David Schmidt och Tobias Reichmann till följd av smittspridningen i truppen.
Tyskland är knappast ensamt om att ha coronabekymmer i EM. I Sverige har Max Darj, Daniel Pettersson och Niclas Ekberg testat positivt.
Och på onsdagen meddelade Island att tre spelare – Olafur Gudmundsson, Björgvin Pall Gustavsson och Elvar Örn Jonsson – smittats. Island möter Danmark i dag, torsdag, klockan 20.30.
Bara fem av 24 lag har undgått att drabbas av några covidfall under EM, däribland Norge. Regerande mästaren Spanien klarade sig länge, men rapporterade två positiva fall under torsdagseftermiddagen, rapporterar norska nyhetsbyrån NTB.
Totalt har 63 spelare testat positivt sedan mästerskapet inleddes.
Tyskland och Sverige spelar i samma grupp, och lagen möts på söndag klockan 18.