Malmö klättrade förbi Linköping och upp på elfte plats i tabellen. Nu skiljer fyra poäng ned till Djurgården på kvalplats och bara tre poäng upp till Brynäs på tionde och sista slutspelsplats.
Malmö, som har fyra matcher kvar av grundserien, har också en match mindre spelad än Brynäs.
Frölunda tog ledningen i Scandinavium genom Jan Mursak, men sedan slog Malmö till två gånger – inom loppet av nio sekunder.
Carl Söderberg kvitterade till 1–1 efter 16.11 av första perioden och direkt efter tekning kom ledningsmålet genom Christoffer Forsberg.
I början av andra perioden utökade Ponthus Westerholm till 3–1 vilket också stod sig matchen ut.
Segern var Malmös tredje i rad – och välbehövlig inför tisdagens match hemma mot Djurgården i bottenstriden.