Bowman och andra ledare i NHL-laget ska ha låtit bli att polisanmäla anklagelserna mot tränaren 2010, uppger AP.
– Spelaren förtjänar bättre från Blackhawks, säger Wirtz enligt The Athletic.
NHL bötfäller Chicago med 2 miljoner dollar, motsvarande cirka 17,2 miljoner kronor, för otillräckliga interna rutiner och för sent uppvaknande i frågan.
Kyle Davidson tar över som general manager tillfälligt tills hockeylaget hittat en ersättare för Bowman.
Bowman är förbundskapten för USA:s herrlandslag till OS i Peking om tre månader.
"För elva år sedan fick jag höra talas om ett potentiellt olämpligt beteende av en tränare som jag lämnade vidare till vd och ordförande. Först i år fick jag höra att det olämpliga beteendet handlade om en allvarlig anklagelse om sexuellt övergrepp. Jag litade på att mina överordnade hanterade ärendet omgående, jag beklagar att jag antog det", säger Bowman i ett skriftligt uttalande som har AP har tagit del av.
Blackhawks skriver i ett uttalande på sin webbplats att man sedan 2010 har utvecklat policies och handlingsplaner så att liknande händelser inte inte ska kunna upprepas.
Rättad: I en tidigare version fanns felaktigheter om en stämning.