IIHF skriver i ett uttalande att man inte är enig med borgmästaren i Riga och det lettiska utrikesdepartementet som använder de deltagande VM-nationernas flaggor för ett politiskt budskap.
"Spelarna har välkomnats hit som gäster och borde inte få se sin flagga borttagen. Det här är i direkt motsats till värdlandets slogan 'Passion. Inga gränser'", skriver IIHF.
"Därför har IIHF bett borgmästaren i Riga att snarast ta ner IIHF:s och VM:s flaggor. Enligt IIHF:s regler är vi en opolitisk organisation".
Borgmästaren Martins Stakis skriver på Twitter att man ska hala IIHF:s flaggor.
"Vi har valt sida – ett folks strävan för frihet eller en diktator. Vi ska börja med att ta bort IIHF:s flaggor", skriver han.
Hockeyförbundet skriver i uttalandet att den belarusiska flaggan ska vara kvar på alla VM-arenor.
Det var efter att ett flygplan på väg till Litauen tvingats ner i Belarus, så att den belarusiska regimkritikern Roman Pratasevitj kunde gripas, som ledande politiker i Lettland agerade genom att byta ut den belarusiska flaggan på platser i Riga där de VM-deltagande ländernas flaggor är hissade.
Ishockey-VM var från början tänkt att avgöras i den belarusiska huvudstaden Minsk, men flyttades till Riga efter starka internationella påtryckningar mot IIHF.