Två mål av amerikanske forwarden Adam Johnson i första perioden och första SHL-målet i karriären från 20-årige backen Linus Cronholm i andra gav fjärde raka segern.
För HV71 – som spurtade starkt, men inte nådde i kapp – var det femte raka förlusten och Jönköpingslaget, som tog SM-guld 2017, halkade ned till sista plats.
– Det är alldeles för dåligt, vi bjuder på för mycket. Det är klart läget är pressat, men det gäller att hantera situationen, säger HV-kaptenen Simon Önerud till C More.
Dråpligt premiärmål
Malmö ledde med 2–1 efter första perioden efter Johnsons dubbla fullträffar.
Det matchavgörandet 3–1-målet av backen Linus Cronholm, hemkallad från lån i allsvenska AIK, kom på ett dråpligt sätt.
Cronholm sköt från backposition i plexiglaset, en felstuds gjorde att returen flög tillbaka från skotthållet in framför mål och där styrdes den på HV-backen Eric Martinssons klubba och i mål.
– Ibland har man turen med sig och det var viktigt för laget, sade Cronholm till C More.
"Mer desperation"
Tre poäng skiljde mellan lagen i den tajta bottenstriden inför matchen.
Nu har Malmö, som bara spelat 41 matcher, på den sista slutspelsplatsen tre poängs marginal ned till slutspelsstrecket och fem poäng till kvalstrecket.
Malmö har ett tajt spelschema och möter Luleå redan på söndagen i sin tredje av sex raka hemmamatcher.
Linus Fröberg, i numerärt överläge, och Fredrik Forsberg gjorde målen för HV71 som vann skotten i tredje perioden med 12–2 men bara fick in ett mål.
– Det måste vara mer desperation, som vi spelade i tredje perioden måste det vara från början. Tyvärr räcker det inte att spela bra i 20 av 60 minuter, säger HV-tränaren Stephan Lundh till C More.
HV71, som har spelat 45 matcher, har två poäng upp till fast mark och hela sex poäng till en slutspelsplats.