Samtliga tre mål gjordes i slutperioden och backen Tomas Kundratek drog i gång målskyttet i numerärt överläge.
Petr Holik fyllde på med 2–0 innan NHL-forwarden Jakub Vrana, Detroit, fastställde slutresultatet i tom bur.
Tjeckien spelar i samma grupp som Sverige i VM som startar på fredag och inledde Stockholmsturneringen med 2–1-seger över Tre Kronor.
Tjeckien tog full pott, nio poäng, och Schweiz stannade på fyra poäng. Vinner Sverige slutmatchen över Finland senare i eftermiddag tar svenskarna andraplatsen i hemmaturneringen.