25-åringen ledde herrarnas tävling efter det korta programmet och var också bäst när det fria programmet avgjordes på lördagen.
Jun-hwan Cha, Sydkorea, tog silver och Ilia Malinin, USA, tog brons.
Japan tog nytt VM-guld på hemmaplan
Shoma Uno gjorde som landsmaninnan Kaori Sakamoto och försvarade sitt VM-guld i konståkning inför hemmapubliken i Saitama.
Shoma Uno har tagit sitt andra raka VM-guld i konståkning.
Foto: Hiro Komae/AP/TT
Så jobbar vi med nyheter