Nikolaj Majorov slutade tvåa trots att han vann det fria programmet under lördagen.
Nordebäck starka insats under fredagens korta program (83,82 poäng) räckte för att bräcka Nikolaj Majorov (som fick 69,79 poäng).
Trots Majorovs vinst i det fria programmet var det Andreas Nordebäck som hade bäst totalpoäng (228,19 mot Majorovs 216,43) och tog SM-guldet.
Sverige har endast en plats till konståknings-EM som arrangeras i finländska Esbo i januari. Svenska konståkningsförbundet har inte meddelat vem som får platsen. Nikolaj Majorov har tävlat för Sverige i OS tidigare, medan talangen Andreas Nordebäck har blivit tia i junior-VM.