Halfvarsson är fortsatt tvåa inför finalklättringen, en minut och två sekunder bakom Klæbo. Detta trots att svensken inte lyckades följa upp andraplatsen från fredagens sprint med ytterligare en pallplats.
33-åringen blev femma i masstarten över 15 kilometer men det var nära att kunna bli bättre än så.
Tätklungan var ett getingbo under hela loppet och Halfvarsson gick in på upploppet i kamp om en pallplats. Men det gick inte hela vägen och svensken åkte in som femma.
– Jag är besviken, konstaterar han.
"Dåliga val"
Halfvarsson var inte nöjd med vissa val han gjorde under loppets gång.
– Jag gör dåliga val på slutet. Det är lite oflyt att jag inte kommer in i ledet och jag får inte med mig farten, säger han.
TT: Vad hade du kunnat göra annorlunda?
– Jag kanske hade kunnat gå mer jämsides med resten och inte på innern. Nu går jag en egen väg och det blir väldigt bra i kurvan men jag får inte med mig farten ut.
Halfvarsson är likväl tvåa i sammandraget och kan därmed slå sin bästa Tour de Ski-placering: en tredjeplats från 2015.
– För touren spelar det inte så stor roll att bli femma eller etta i dag, men det hade varit kul att vara på pallen, säger han.
Nu väntar finalklättringen under söndagens avslutande masstart över tio kilometer.
– Jag ska göra så gott jag kan och hoppas på en bra backe, så får vi se hur långt det räcker, säger han.
TT: Gynnar det dig med ditt utgångsläge att det avslutas med masstart?
– Det gör det absolut. Om vi går som lag in i backen, vilket jag hoppas, då har jag de sekunderna på åkarna bakom mig.
"Grattis till Klæbo"
Även William Poromaa var uppe och nosade på pallen under lördagen, men 22-åringen blev sexa. Det är dock något av en revansch för Poromaa som i sprinten blev diskvalificerad efter dubbla överträdelser. Han fick även ett tre minuters tidstillägg.
Först över mållinjen var – som vanligt – Johannes Høsflot Klæbo. Den norska dominanten var starkast på upploppet och åkte över mållinjen som etta och därmed har han vunnit samtliga sex Tour de Ski-etapper. Det gör även att norrmannen slår ryske Sergej Ustjugovs rekord på antal raka toursegrar från säsongen 2016/2017.
– Grattis till honom. Han har avgjort det här nu, säger William Poromaa.
Pål Golberg blev tvåa och Francesco De Fabiani åkte in som trea.