Men övriga fem svenskar är klara för kvartsfinalerna.
Halfvarsson hade det tungt i Sverigepremiären i Gällivare förra veckan, och den trenden fortsatte i Ruka.
Den rutinerade 32-åringen kom först på 45:e plats i kvalet. En bra bit från topp 30 som gick vidare.
– Jättemärkligt, jag tyckte att det kändes bra i dag och tycker att jag åker fort, säger Halfvarsson.
Annat var det för övriga åkare i det svenska laget. Anton Persson, Gustaf Berglund, Johan Häggström, Marcus Grate och Olle Jonsson tog sig vidare.
Grate körde in som sjua och var bästa svensk.
Ryssen Alexander Terentev imponerade och var snabbast i kvalet, före fransmannen Richard Jouve och den norska stjärnduon Johannes Høsflot Klæbo och Erik Valnes.
Däremot hade Emil Iversen en tung dag och avancerade inte till kvartsfinalerna.