Kenyanen Felix Kirwa vann med 37 sekunders marginal före eritreanen Merhawi Kesete och 1.31 minuter före trean, kenyanen John Langat.
På grund av felspringningen lyckades inte Kirwa klå banrekordet. Han gjorde loppets tredje bästa tid genom tiderna.
– Jag är väldigt glad över segern, men på grund av detta kunde jag inte ta rekordet, säger Kirwa till TV4.
Visade fel väg
Kirwa, Kesete och Anbesa Tesfaye blev visade fel väg och tappade ungefär två minuter på misstaget då de tvingades vända efter cirka 300 meter.
– Det var meningen att mc-poliser skulle visa täten rätt vid en hårnål efter Stadsgårdsleden men har av någon anledning visat ut täten ut mot Danvikstullsbron, säger David Fridell, verksamhetschef för Marathongruppen, till TV4.
– Det är otroligt tråkigt, vi hade löpare på väg mot banrekordet och så händer det här. Det är djupt olyckligt.
Kirwa kommer att få bonusen som var öronmärkt för banrekordet ändå, säger Fridell.
– Det känns självklart. Det är vi som har tabbat oss och han har gjort ett helt fantastiskt lopp, säger han.
Kirwa och Kesete lyckades dock ta sig tillbaka i täten i loppet och drog sedan ifrån.
Svensk maratonmästare blev Samuel Russom som gick i mål som femma. Olle Walleräng tog silvret efter en sjundeplats i loppet och Archie Casteel bronset genom en åttondeplats.
Seger i första maran
Etiopiskan Tsige Haileslase vann damklassen på tiden 2.31.48, 30 sekunder före kenyanskan Pauline Korikwiang. Mercy Kwambau, Kenya, kom trea, 1.55 minuter bakom segraren.
– Jag är väldigt nöjd med segern, det var mitt första maraton, säger Haileslase till TV4.
Hanna Lindholm blev svensk mästare genom en femteplats i loppet, 4.51 efter segraren.
– Det känns superbra, det var mitt första SM-guld i maraton, säger Lindholm till TV4.
Erica Lech kom tvåa i SM-klassen och Louise Ringström trea, de var tia respektive elva i loppet.