Belgaren var IOK:s åttonde ordförande och ledde den olympiska rörelsen mellan 2001 och 2013. Han deltog själv i tre OS som seglare i finnjolleklassen 1968, 1972 och 1976.
"Han var en fulländad ordförande som hjälpte till att modernisera och transformera IOK. Han kommer speciellt att bli ihågkommen för sitt stöd till ungdomsidrotten och för skapandet av ungdoms-OS", säger IOK-ordföranden Thomas Bach i ett uttalande.
Jacques Rogge blev 79 år.