Julius Ssekitoleko dök inte upp till ett obligatoriskt PCR-test under torsdagen förra veckan och har sedan dess varit försvunnen, varpå en stor sökinsats inleddes.
Han lämnade en lapp där han skrev att han ville "arbeta i Japan" för att livet i Uganda är svårt och fångades, enligt japanska medier, sedan på övervakningskameror när han köpte en tågbiljett till Nagoya.
20-åringen har nu påträffats oskadd i den japanska staden Yokkaichi i prefekturen Mie. Enligt polisen finns det inga misstankar om brott.
– Han hittades i ett hus tillhörande personer han har koppling till. Han gjorde inget motstånd och talade uppriktigt, säger polisens talesperson och fortsätter:
– Han hade sin egen legitimation och identifierade sig. Men det är oklart vart vi ska skicka honom – till laget eller ambassaden.
Ssekitoleko åkte till sommarspelen som reserv och hade fått beskedet att han inte skulle få tävla. Det var tänkt att han skulle återvända till Uganda på tisdag.