IOK:s ordförande Thomas Bach lutar sig mot faktumet att delegationerna gjort över 8 000 coronatester, med endast tre bekräftade fall.
"Risken för andra i OS-byn och risken för det japanska folket är noll" säger han.
De tre personerna som testats positivt har isolerats och deras nära kontakter har försatts i karantän säger Bach.
Med bara en vecka kvar till OS har Tokyo under torsdagen rapporterat in 1 308 nya bekräftade coronafall, den högsta siffran sedan januari. I Japan har de olympiska spelen inte något större stöd bland lokalbefolkningen. En namninsamling mot OS fick ihop över 450 000 underskrifter, enligt japansk media.
Så kallade "bubblor" har införts för att förhindra vidare spridning av viruset, men experter tvivlar på deras effektivitet.
Fall har uppdagats bland inresta aktiva och andra som är engagerade i spelen.
Under en 14 dagar lång karantän bekräftades det att en aktiv testats positiv i Tokyo men inga vidare detaljer har släppts.
Åtta medlemmar i det kenyanska rugbylaget för damer har klassats som "nära kontakter" till en passagerare på deras flyg till Tokyo som senare testats positivt. Spelarna har isolerats som en försiktighetsåtgärd men har alla testats negativt.
Tidigare i veckan klassades situationen i Tokyo åter igen som "nödläge" och publikfesten ställdes in till förmån för tomma, smittsäkra läktare.
Hur det blir under Paralympics bestäms efter OS.