Den manlige tyngdlyftarens frånvaro upptäcktes när han inte dök upp till ett planerat PCR-test. Tyngdlyftaren sågs senast inne på hotellet där den ugandiska OS-truppen bor av en annan idrottare.
"Om någon är i Japan och tror att han ska få tävla, men sedan får dåliga nyheter, det är klart han blir besviken då", säger Ssenkungu i ett uttalande enligt AFP.
Försvinnandet upptäcktes först på förmiddagen när han inte dök upp till ett PCR-test och befann sig inte heller i sitt hotellrum.
Ugandas OS-trupp anlände i Japan för en månad sedan och landets olympiska kommitté vet inte vad som kan ha hänt.
"Vi försöker också lista ut vad som har hänt", säger ordföranden Donald Rukare enligt AFP.