Testerna gjordes på hotellet inför avresan till Tokyo och de smittade spelarna – Hector Velázquez och Sammy Solís – isolerades från resten av OS-truppen.
"Det beslutades att omedelbart isolera de två spelarna i sina rum på landslagshotellet, liksom övriga spelare samt tränarstaben, tills vi får det medicinska laboratoriets resultat från PCR-testerna", heter det i ett uttalande.
Mexiko spelar sin första match i basebollturneringen mot Dominikanska republiken den 30 juli.