Enligt uppgifter till tidningen Sydney Morning Herald var flera spelare kraftigt berusade och toaletter ombord på planet lämnades nerspydda. Landets rugbyförbund har inlett en internutredning och fotbollsförbundet uppger att man ska göra detsamma.
– De drack i flygplansgångarna och rättade sig inte efter reglerna. Det här duger inte, speciellt då de höll människor vakna under natten. Det var andra australier på väg hem med på det planet, säger Matt Carroll, verksamhetschef för Australiens olympiska kommitté (AOK), till tv-kanalen Seven.
Enligt Carroll fanns aktiva från nio olika sporter med på planet och han har kontaktat ansvariga på samtliga förbund för att be dem starta internutredningar.
– Jag vet vad som hände, men jag vet inte vem som gjorde vad. Det är därför jag vänder mig till förbunden – man är som väntat mycket upprörd och besviken över sina idrottare.
Australien åkte ut i kvartsfinal mot Fiji i sjumannarugbyn. Laget vann bara en gruppspelsmatch mot Sydkorea.
U23-herrarna slutade sist i sin grupp efter en vinst och två förluster och gick inte vidare.
AOK har även fått klagomål om australiska idrottare som har lämnat lägenheter i OS-byn i Tokyo i dåligt skick.