Nyhetsbyrån Kyodo uppger att det kan det röra sig om mutor och enligt lokala medier misstänks en konsultfirma, som drivs av Takahashi, för att ha tagit emot pengar från Aoki för ett kontrakt som undertecknades 2017.
Aoki blev sedan i oktober 2018 sponsor till Tokyo-OS.
Takahashi sade själv i förra veckan att pengarna hans företag tog emot var för konsultarbete. Samma vecka gick även Aoki ut med ett uttalande där de inte ville kommentera utbetalningarna.
Takahashi satt i styrelsen för Tokyo-OS mellan 2014 och 2022.
Seiko Hashimoto, som var ordförande för Tokyo-OS, sade på tisdagen att hon kommer att samarbeta fullt ut om det behövs i utredningen.
– Att sådana här saker kommer upp är väldigt tråkigt, sade hon.
Det är inte första gången som Tokyo-OS förknippas med mutbrott.
Tsunekazu Takeda, tidigare chef för Japans olympiska kommitté, avgick 2019 efter att franska myndigheter utrett hans involvering gällande två betalningar på omkring 19 miljoner kronor till en bank i Singapore före och efter IOK:s omröstning om värdskapet för sommar-OS 2020 (som flyttades till 2021 på grund av pandemin).