De två taekwondoutövarna Zakia Khudadadi och Hossain Rasouli skulle ha deltagit i spelen i Tokyo, men landet kunde inte skicka några idrottare till Paralympics, på grund av situationen i landet.
Khudadadi har tidigare vädjat till omvärlden om att få hjälp och nu säger IPK:s talesperson Craig Spence att de har kunnat lämna Afghanistan.
– Jag tänker inte tala om för er var de befinner sig för det här handlar inte om sport, det handlar om människoliv och att hålla folk säkra, säger han på en presskonferens i Tokyo.
De två kommer inte att delta i spelen och fokus ligger på att de ska må bra, säger han.
– De har självfallet gått igenom en väldigt traumatisk process och de får hjälp. Vi hålls informerade om var de befinner sig och hur de mår.
Zakia Khudadadi skulle ha blivit Afghanistans allra första kvinnliga paralympier om hon fått ställa upp.
Enligt australiska ABC ingick paralympierna bland de fler än 50 kvinnliga afghanska idrottare och deras närstående som evakuerades till Australien från Kabul tidigare i veckan, men uppgifterna har inte bekräftats.