Modin diskades i efterhand för tjuvstart i semifinalen och fick aldrig starta i finalen.
– Han är grymt besviken, en VM-sprint på hemmaplan där han garanterat hade fajtats om medalj, det är surt, säger förbundskaptenen Leif Larsson till SVT.
Larsson om juryns beslut, som inte gick att överklaga:
– Vi förstår ingenting.
Modin var överlägsen i semifinalen och såg ut att gå mot ett riktigt fint resultat. På OS i Peking i fjol tog Zebastian Modin brons i sprint.
Tidigare under VM har Modin tagit guld på 18 kilometer längdskidor och silver i skidskytte.
Med Modin borta från finalen gick guldet till Jake Adicoff, USA.