EM- och VM-guldmedaljören skadades i ett fall vid tävlingar i Jönköping nyligen. Han föll av El Barone när hästen stannade redan vid det första hindret i grand prix-hoppningen.
Undersökningar har visat att ett revben är trasigt.
Fredricson känner att han behöver mer tid för att läka skadan innan han kan tävla igen och har därför lämnat återbud till helgens deltävling i världscupen i Stuttgart.
I stället siktar han på att delta i de internationella tävlingarna i Friends arena den 30 november–3 december.
"Jag ser verkligen fram emot att komma till Stockholm och vill vara i bra form till dess. Då är det bättre att ge kroppen lite mer tid och inte pressa på i onödan", säger Jens Fredricson.
Amanda Landeblad blir enda ryttare som hoppar för Sverige i Stuttgart. Patrik Kittel rider världscupdressyr och Sofia Sjöborg inomhusfälttävlan.