Macron var tvungen att ta en paus på grund av buropen innan han kunde hålla sitt tal inför fredagskvällens match mellan Frankrike och Nya Zeeland på Stade de France i Parisförorten Seine-Saint-Denis.
Den franske presidentens popularitet har dalat under det senaste året efter att han genomdrivit en kontroversiell reform för att höja landets pensionsålder.
Bland de franska rugbyfansen väcker Macrons mottagande på Stade de France blandade känslor.
– Folket har inte glömt förolämpningarna och pensionsreformen. Han fick det välkomnande han förtjänade, säger Bastien Lachaud, från vänsterpartiet LFI i Seine-Saint-Denis.
Från Macron-supprortrar får den buande publiken i stället hård kritik.
– Det här borde inte ske på en stadion. Att bua ut republikens president är att bua ut Frankrike, säger Mathieu Lefevre, parlamentsledamot från Macrons parti Renaissance.