Den 23-årige Milak hoppade överraskande av årets VM i Fukuoka och förklarade att han var fysiskt och psykiskt slut och "hade nått botten".
Milak tog dubbla guld på 100 och 200 meter fjäril i VM 2022 på hemmaplan i Budapest och slog sitt eget världsrekord på den senare distansen.
Milak har tidigare presenterats som en av elva stora stjärnor – tillsammans med bland annat Sarah Sjöström – som skulle simma samtliga tre världscupdeltävlingarna i Berlin, Aten och Budapest under oktober månad.
Nu har han strukit de två första och hoppas göra comeback på hemmaplan i den avslutande deltävlingen.
Enligt Swimswam har träningen inte gått som Milak hoppats efter avbrottet.
Världscupen avgörs i långbana i år och premiären i Berlin avgörs den 6-8 oktober.