Det betyder att samtliga tre medaljörer på 100 meter fritt från OS i Tokyo saknas på VM.
Sedan tidigare har guldvinnaren Emma McKeon och bronsmedaljören Cate Campbell, båda Australien, meddelat att de står över VM.
Sjöström inleder sitt VM-program med 100 meter fritt på onsdag och ska också simma 50 meter fritt och 50 meter fjäril i Budapest. Svenskan slutade femma på 100 meter fritt i OS.
Beskedet från Haughey kom i sista stund. Hon står fortfarande med i alla startlistor, men precis före starten på 200 meter fritt på måndagsmorgonen meddelade hon sitt beslut på Instagram.
"Jag är ledsen att behöva meddela att jag inte kommer att tävla på VM den här veckan", skriver hon.
Haughey har haft problem med en ankelskada, men lyfter också fram pandemin som en anledning med karantän och nedstängning som drabbat de som bor i Hongkong.
"Det har varit svårt att få till all träning och rehab för att komma i den form jag vill vara på den här korta tiden", skriver hon bland annat.
Haughey, som är lagkamrat med Sjöström i ISL-serien, blev i Tokyo historisk som den första Hongkongsimmaren att ta OS-medalj när hon blev silvermedaljör både på 100 och 200 meter fritt.