Finländskan Krista Pärmäkoski kom tvåa, 14 sekunder efter. Norskorna Tiril Udnes Weng och Anne Kjersti Kalvå slutade trea respektive fyra, nästan 1,5 minut efter.
I och med att norskorna tappade så mycket på Frida Karlsson har nu svenskan 1.28 minuter till godo på totaltvåan Weng och 1.31 på trean Kalvå. Detta efter att ha vunnit både 10 kilometer klassiskt och sedan dagens jaktstart över 20 kilometer fri stil i Oberstdorf.
– Min plan A var att inte låta dem komma i kapp alls, men det blev plan B och det gick också bra, säger Karlsson om loppet.
– Jag är jättenöjd med hur jag lade upp loppet, jag gick för det i början, sedan fick jag omfokusera och var trygg i att det fanns en plan B också.
TT: Har du hängt av norskorna nu?
– Vi är väl typ halvvägs nu, det är fortfarande mycket kvar jag ska ta mig igenom.
Hängde inte med
Touren fortsätter på fredag med sprint i italienska Val di Fiemme.
Frida Karlsson hade cirka 16 sekunders försprång till trion Weng, Anne Kjersti Kalvå och Pärmäkoski inför jaktstarten. Hon höll ett bra försprång i två av sex varv, men strax efter varvningen efter 6,6 kilometer var norskorna och finländskan ikapp.
Kvartetten följdes åt och efter halva loppet hade de ett försprång på över en minut.
Kalvå lyckades sedan inte hänga med de andra utan tappade uppemot tio sekunder ganska snabbt. Och den norska landsmaninnan Weng föll också bort på det fjärde varvet, var 14 sekunder efter vid varvningen och en halv minut en stund senare – och fortsatte att tappa på tätduon.
I en uppförskörning på slutvarvet avgjorde Karlsson den svensk-finska duellen och med knappt 1,5 kilometer kvar var svenskan elva sekunder före.
"Bara att gasa"
TT: När kände du att det var läge att göra det sista rycket?
– Jag tänkte att när jag gör det ska jag göra det rejält. Jag tryckte till några tag och märkte att hon (Pärmäkoski) släpper lite, då var det bara att gasa in i mål, säger Karlsson.
TT: Med den formen du är i, vad kan stoppa dig från att ta hem touren?
– I sprint (första etappen i Italien) kan allt hända, det är bara att fokusera på den nu.
På frågan om hur hon tänker inför fredagens sprint svarar hon:
– Lite is i magen och lite marginaler så ska det bli bra.
Frida Karlsson får beröm efter loppet av landslagschef Anders Byström.
– Det är en rejäl utklassning mot norskorna och det var det viktigaste tycker jag, säger han till TT.
– Hon väntar i princip in dem på andra och tredje varvet och då känner man att hon har mer att ge. När de då kommer gör hon en väldigt bra taktisk värdering. Otroligt bra genomfört. Alla som klagar på Fridas taktik kan sluta nu.