I det masstartsloppet, 20 kilometer, slutade Svahn på 15:e plats.
Den svenska lagledningen valde att lämna en plats öppen inför skiathlon för att avvakta torsdagens succéfyllda sprint där Sverige tog de fyra första platserna. Där blev Linn Svahn fyra.
Frida Karlsson, Ebba Andersson och Moa Ilar togs ut till skiathlondistansen redan i onsdags.
– Vi har ju fler starka sprintåkare, Maja (Dahlqvist) har visat att hon är en stark distansåkare, så vi fick klura litegrann i går kväll, säger Thomson.
Uttagningen av Linn Svahn skulle kunna tolkas som att hon får stå över sprintstafetten på söndag, men Thomson säger att det fortfarande är öppet.
– Hon åker skiathlon först så får vi se sedan vad som händer på teamsprinten. Det här skulle ju kunna vara uppvärmning också, säger han hemlighetsfullt.