Loppet flyttas också fram en timme och startar klockan 8.00 svensk tid.
Det är runt minus 17 grader vid skidstadion i Zhangjiakou och det blåser 14 meter i sekunden i byarna, uppger Sveriges olympiska kommitténs meteorolog Tomas Mårtensson.
– Risken för nedkylning är stor i de här förhållandena, säger Mårtensson, och tycker att det är ett klokt beslut att korta ner tävlingen, även om det är synd.
Landslagschefen Anders Byström säger att nationernas lagledare sade nej till att korta loppet.
– Vi har signalerat att vi vill ha 50 kilometer eftersom det är en klassisk distans på OS och vi har åkare som sett fram emot detta i fyra år. För Jens Burman var femmilen hans huvuddistans i detta mästerskap, säger Byström.
Saknar långsiktighet
Byström hade helst sett att loppet tidigarelagts till på fredagen eftersom väderprognosen för flera dagar sedan spådde kyla och hård vind.
– Jag förstår att det är svårt att flytta det, men man kunde varit mer långsiktig. Att det skulle bli kallt i dag, det har vi vetat länge. Men nu är det bara en dag kvar. Man hade inget val, säger Byström.
– Nu är det som det är och åkarnas hälsa kommer först. Man måste acceptera.
Byström säger att han inte hade pratat med åkarna. En åkare använde i alla fall väntetiden till att i sociala medier kritisera beslutet.
"Fis har just kortat OS-femmilen till 28 km för att det är lite kallt och blåsigt. Jag kan inte se att det gör det varmare eller mindre blåsigt. Vilket jäkla skämt!", skriver britten Andrew Musgrave.
"Ingen vanlig tremil"
Beskedet kom med bara en timme kvar till den planerade starten. Förhoppningen är att vinden ska ha avtagit något till den senarelagda starten.
– Temperaturen är inte så farlig, det är vinden som är problemet. Det här kommer inte att bli någon vanlig tremil, säger Norges landslagschef Espen Bjervig.
Beslutet tas för åkarnas säkerhet, uppger arrangören, så att de slipper vistas utomhus i den stränga kylan längre än nödvändigt.
Svenskarna som ska köra loppet är William Poromaa, Calle Halfvarsson, Jens Burman och Leo Johansson.
Enligt Internationella skidförbundet kan det även bli förändringar av damernas 30 kilometer, som ska avgöras på söndagen, på grund av kylan och vinden.
– Det kommer att fortsätta att blåsa i morgon men de flesta modeller pekar på att det kommer bli något varmare, säger Tomas Mårtensson.