Den svenska orienterings- och löparstjärnan behövde 2 timmar och 10 minuter på den första etappen, som hon vann nästan sju minuter före Maude Mathys, Schweiz.
Ett dygn senare fick Mathys revansch när en ny tuff och kuperad 25-kilometerslöpning väntade. Alexandersson, som stukade en fot under första etappen, slutade tvåa och var slagen med drygt två minuter.
Två etapper återstår på den portugisiska ögruppen i Atlanten.