Eckhoff sköt en bom, men utökade ändå sin ledning från sprinten. Hon gick ut sex sekunder före tvåan, men väl i mål hade hon utökat ledningen till 35 sekunder före belarusiskan Dzinara Alimbekava på andraplats. Italienskan Dorothea Wierer blev trea.
Resultatet säkrade Eckhoffs seger i den totala världscupen.
– Jag är väldigt, väldigt glad. Jag visste inte att jag kunde vinna i dag, det är superhärligt, säger hon till SVT efter loppet.
Förra året kom hon tvåa.
– Det var väldigt tufft i fjol att komma hem efter att jag kommit tvåa, men nu ska jag komma hem och fira, säger Eckhoff.
Elvira Öberg hade bäst utgångsläge av svenskorna och gick ut som sjua, 36 sekunder efter den ledande norskan.
Men precis som för herrarna tidigare under dagen, så var det ingen framgångsrik dag på skjutvallen.
Elvira Öberg drog på sig tre bom, men gick i mål som bästa svenska med en 16:e plats, två minuter efter täten.