Det var under öppningsdagens möte mellan ukrainska Kateryna Baindl och Kamilla Rakhimova på måndagen som några ryska supportrar sågs bära en rysk flagga vid sidan av planen.
Det rörde upp känslor på den ukrainska sidan, som enligt Fox Sports kallade in säkerhetsvakter.
En som reagerade var den ukrainska ambassadören för Australien och Nya Zeeland, Vasyl Myrosjnytjenko, som kritiserar flaggorna i ett Twitterinlägg.
"Jag fördömer starkt att den ryska flaggan visades öppet under matchen med den ukrainska tennisspelaren Kaetryna Baindl vid Australian Open i dag. Jag uppmanar Tennis Australia (Australiska tennisförbundet) att omedelbart se till att dess 'neutral flagg'-policy efterlevs", skriver han.
Ändrar flaggpolicy
Spelare från Ryssland och Belarus spelar under neutral flagg. Men det har hittills varit okej för publiken att bära dem.
"Inledningsvis var vår policy att fans kunde ta med sig dem in men inte använda dem för att störa. I går hade vi en incident där en flagga placerades vid sidan av planen", skriver Tennis Australia i ett uttalande under tisdagen, enligt flera medier.
Incidenten gör att arrangörerna nu förbjuder ryska och belarusiska flaggor på turneringsområdet.
"Förbudet börjar gälla omedelbart", skriver tennisförbundet.
Det har i sin tur fått ryska ambassaden i Australien att reagera, som skriver på sociala medier att förbudet är en "oacceptabel politisering av sport".
"Till råga på att ryska tennisspelare redan diskrimineras med 'neutral flagg'-policyn så går nu Tennis Australia ännu längre genom att se till att de inte längre kan bli påhejade av sina supportrar", skriver ambassaden och fortsätter:
"Det är verkligen beklagligt att se turneringsarrangörerna ge efter för öppen och ganska arrogant politisk manipulation som offrar andan av rent spel som en gång hörde till Australian Open".
Sport – inte politik
Belarusiskan Aryna Sabalenka är en av dem som inte får se hemlandets flaggor under turneringen.
– Jag kände att tennis som sport inte har något med politik att göra. Om alla känner sig bättre på det här sättet, så är det okej. Jag har noll kontroll över det, så vad kan jag säga?, säger hon vid en presskonferens.
Hon förstår att den ryska flaggincidenten på måndagen kan uppfattas stötande för ukrainska supportrar.
– Jag är rätt säker på att de är upprörda över det, och om Tennis Australia fattat det här beslutet för att få dem att känna sig bättre, så okej – de fattade det beslutet. Det är inget jag kan göra något åt.