Beslutet om att dra in visumet tas med hänvisning till "allmänna- och hälsointressen" och har grundats på information från spelaren själv, gränspolisen och inrikesdepartementet, skriver immigrationsministern Alex Hawke i ett uttalande under fredagskvällen lokal tid.
Frågan har varit politiskt laddad med tanke på de hårda restriktioner som gällt i landet i två års tid – och oppositionspartierna har under veckan som gått krävt att regeringen tar ställning.
"Australier har gjort många uppoffringar under pandemin, och de förväntar sig med rätta att resultatet av dessa uppoffringar skyddas", sade premiärministern Scott Morrison i ett uttalande efter att beslutet offentliggjorts.
"Varenda minut är värdefull"
Senare under fredagskvällen tid kallade en australisk domstol till en förhandling, där stjärnans advokater berättade att man kommer att överklaga beslutet.
Domstolen, samma som gav Djokovic rätt i måndags, beslutade efter förhandlingarna där att fallet överförs till högre instans – Australiens federala domstol.
Djokovics advokater bad om möjligheten att skynda på rättsprocessen – och att Djokovic skulle få vara på fri fot under tiden.
– Varenda minut är värdefull för vår klient, sade de, som vill se att fallet avgörs senast på söndag kväll så att serben, om han får rätt, kan spela i turneringen på måndag.
Tills dess att fallet är prövat (vilket ska ske "så snabbt som möjligt") skjuts utvisningen upp – men efter att Djokovic närvarat på ett möte med representanter för gränskontrollen på lördagen kommer han att sättas i bevakat förvar, först på sina advokaters kontor och sedan på ett karantänshotell, meddelade domstolen.
I måndags fick Djokovic tillbaka sitt visum, eftersom att man bedömde att gränspolisen gjort fel när de stoppade spelaren från inresa på grund av att de inte godtog den medicinska dispens han tilldelats i frånvaro av vaccination.
Efter det valde han att stanna kvar för att delta i turneringen.
"Jag behåller fokus på det. Jag flög hit för att spela i en av de mest betydelsefulla turneringarna vi har, inför underbara fans", skrev Djokovic på Instagram i måndags.
"Spelar efter egna regler"
Turerna kring världsettan i tennis och hans vaccinationsstatus har varit många. Enligt världsfyran Stefanos Tsitispas har Djokovics hantering av vaccinationskravet varit att tänja på gränserna.
– Han spelar definitivt efter sina egna regler och har gjort det som många spelare inte vågat, sade greken till den indiska tv-kanalen WION enligt Eurosport.
Novak Djokovic har sedan i måndags tränat i Melbourne inför turneringen, som inleds den 17 januari.
Nu verkar det som att han får fortsätta jakten på sin 21:a grand slam-titel i Franska mästerskapen i maj. Just nu delar Djokovic rekordet för herrar, 20, med Roger Federer och Rafael Nadal.
Rättad: I en tidigare version förekom otydliga formuleringar kring var Djokovic ska på möte och hur han sättas i förvar. Rätt är att Djokovic möter representanter för gränskontrollen, och att han sätts i bevakat förvar därefter.