4–6, 6–3, 6–3 blev serbens segersiffror mot Daniil Medvedev.
Den ryske världstvåan snuvade Djokovic på årets fjärde grand slam titel i US Open i september, men räckte inte till nu trots segern i första set.
Djokovic var starkast och kommer för sjunde gången avsluta ett år som världsetta, vilket gör att han slår Pete Sampras rekord.
– När jag passerar en av mästarna, speciellt en som Pete Sampras som jag såg upp till när jag var ett barn, betyder det allt för mig. Det är lite av en surrealistisk känsla, säger Djokovic.