Ymer, som är rankad 169 i världen, förlorade sin kvalfinal mot chilenaren Alejandro Tabilo under natten mot fredagen, svensk tid.
Tabilo, rankad 136, vann matchen med setsiffrorna 6–1, 6–2.
Mirjam Björklund, rankad 292, missar också Australian Open. I kvalfinalen mötte hon 491-rankade amerikanskan Katie Volynets, som vann över två raka set (7–5, 6–3).
Därmed blir Mikael Ymer ensam svensk på herrsidan i huvudturneringen i Melbourne som börjar på måndag. Han får tufft motstånd i första omgången då han ställs mot världsfyran, greken Stefanos Tsitsipas.