39-åringen fick kämpa i över tre och en halv timme och klockan närmade sig 01 innan han lyckades besegra 59-rankade Koepfer i fjärde set inför tomma läktare i Paris, natten mot söndag.
– Jag vet inte om jag kommer att spela, säger Federer efter matchen om sitt fortsatta spel i turneringen, rapporterar nyhetsbyrån AFP.
Tanken är att schweizaren, som fyller 40 om två månader, på måndag ska möta Matteo Berrettini (Italien) i den fjärde omgången. Men Federers krånglande knä och nattmanglingen mot Koepfer kan sätta stopp för det.
– Jag måste bestämma mig för om jag ska fortsätta spela eller inte. Är det för riskabelt att fortsätta pressa knät? Är det dags att vila?
Den tjugofaldiga grand slam-vinnaren genomgick två knäoperationer i fjol och har spelat mycket sparsamt de senaste 17 månaderna. Han har dessutom gjort klart att hans främsta mål i år är Wimbledon i London, som startar 28 juni, där han jagar sin nionde titel.
– Vid varje match måste jag ompröva situationen och nästa morgon känna efter vilket tillstånd jag är i och hur knät mår, säger han.
Den numera åttonderankade Federer fick slita ordentligt, men lyckades till slut vinna över Koepfer med siffrorna 7–6(5), 6–7(3), 7–6(4), 7–5.