Kanadensaren förlorade i kvartsfinalen mot australiern Alex de Minaur. de Minaur vann med 6–2, 7–6 och matchen var över efter 1.40.
de Minaur har nu vunnit alla fyra möten med Shapovalov.
"Jag är väldigt nöjd med mitt spel i dag och tyckte jag höll en stabil nivå genom hela matchen", säger de Minaur efter matchen.
Shapovalov, seedad fyra, brukar trivas bra i Kungliga Tennishallen. 2019 tog han sin hittills enda ATP-titel där. Och i fjol var han i final i Stockholmsturneringen.
Femteseedade de Minaur får i lördagens semifinal möta segraren i matchen mellan Holger Rune, Danmark och britten Cameron Norrie.