Spanjoren gick in i årets första grand slam-turnering Australian Open som en av de stora favoriterna, men den regerande mästaren åkte ut direkt mot amerikanen Mackenzie McDonald.
Den 36-årige världstvåan var dock synbart påverkad av skadan.
"Jag har blivit undersökt efter förlusten i går. Magnetkameraundersökningen visar en skada på höftböjaren i det vänstra benet. Nu blir det vila från idrottande. Normal tid för återhämtning är sex–åtta veckor", skriver Nadal på Twitter.