Nadal, som vunnit pågående Franska mästerskapen 14 gånger, skadade höften under årets första grand slam-turnering, Australian Open, i januari.
Han sade för ett par veckor sedan att han skulle missa Paris-turneringen för första gången på 18 år och att han inte heller ska spela Wimbledon om en månad.
Nadals talesperson, Benito Perez-Barbadillo, berättar att en trio läkare på fredagskvällen gjorde två ingrepp. Det ena av en sena i höften, den andra för en gammal axelskada.
37-åringen, som firar födelsedag idag, kommer därför troligen att bli borta i fem månader, alltså säsongen ut.
Nadal sade nyligen att nästa år sannolikt blir hans sista på tennistouren.